%
grid = grd('nena');

% other test
fname = 'MASK_SUBAREA-NENA-PXY_386_130-ECOS.HDF';
subarea = hdfread(fname,'SUBAREA');
subarea = change(subarea,'==',32767,0);
subarea = double(subarea);
subarea = subarea.*grid.mask_rho_nan;
subarea = change(subarea,'==',0,NaN);

figure
pcolorjw(grid.lon_rho,grid.lat_rho,subarea);
colorbar
pnc

% cut off open ocean to focus attention more onto the shelf
xoff = 40; % number of grid boxes to cut off
for j=1:dims(2)
  subarea(1:xoff,j) = NaN*ones(xoff,1);
end
subarea_mask = change(subarea,'>',0,1);

figure
pcolorjw(grid.lon_rho,grid.lat_rho,subarea);
colorbar
pnc

%save clipping_mask xoff subarea subarea_mask


